Este programa tiene como objetivo fomentar el desarrollo de investigaciones en torno a las colecciones. Estas investigaciones permitirán la generación e integración de nuevos conocimientos, tanto sobre la cultura material que conforma las colecciones como sobre sus contextos de producción, uso y procedencia geográfica. Para lograr este objetivo, se aplican diversas metodologías y enfoques de trabajo, como la arqueometría, la etnografía, la etnoarqueología, la arqueobotánica y la informática. Estas disciplinas contribuyen al análisis, la caracterización y la interpretación de los materiales desde múltiples perspectivas, tanto disciplinarias como comunitarias. Los resultados de estas investigaciones se plasmarán en un archivo documental de las colecciones, que estará al servicio de la comunidad científica y local. Este archivo contendrá antecedentes y material gráfico, con el propósito de enriquecer la comprensión del desarrollo económico, cultural y social de la zona sur-austral de Chile, utilizando este conocimiento para crear exposiciones, publicaciones y programas de enseñanza dirigidos a diversas audiencias