Las diversas funciones que cumplen las colecciones a nivel institucional y social como parte del patrimonio cultural de la Región, conlleva a que generemos un modelo de trabajo sustentado en el manejo integral de colecciones, el cual se cimenta en tres bases metodológicas. 

La primera es la planificación estratégica para la proyección, ejecución y evaluación de acciones que permitan la organización institucional de la administración de las colecciones. 

La segunda es la interdisciplinariedad, donde el recurso humano profesional, técnico y autodidacta, aportan desde sus propios conocimientos y experiencias para la investigación, conservación y gestión de la cultura material como colecciones, las que están al servicio de la sociedad. En este punto, nos hemos propuesto generar una red de trabajo intra y trans institucional que aporten desde su especialización y soporte tecnológico a la preservación de las colecciones. La conectividad de este tejido colaborativo se establece al generar lazos de apoyo con las organizaciones sociales, educativas y productivas de nuestra región. 

El tercer principio es el de trabajo inclusivo, el cual se sostiene por medio de la vinculación con el medio, congregando así los propósitos, procesos y actividades que el laboratorio establece con el entorno, incluyendo a sus diferentes actores. Con estos últimos nos relacionamos desde el quehacer de la docencia, investigación, asistencia técnica en conservación y la extensión universitaria. A través de distintos mecanismos de coacción, estas actividades están dirigidas a lograr la retroalimentación del quehacer institucional, la transmisión de conocimientos que aporten al desarrollo social y cultural del país. Para dichos propósitos, se han establecido programas de trabajo, que articulan las actividades entre los distintos ejes institucionales y de la comunidad. Estos programas se organizan según áreas temáticas para la obtención de logros metodológicos y técnicos específicos bajo una planificación de tareas.